Se realizó la caracterización morfoagronómica y molecular de 19 poblaciones de papa Solanum tuberosum L. y Solanum phureja procedentes del Departamento de Nariño. Se realizó un Análisis de Componentes Principales (ACP) para variables cuantitativas y un Análisis de Correspondencias Múltiples (ACM) para variables cualitativas. La caracterización molecular se realizó mediante la técnica RAMs. El análisis de agrupamiento para ACP y ACM se hizo mediante el criterio de agregación de Ward y mediante el coeficiente de Nei-Li para los datos moleculares. En el ACP, el primer eje explica el 75,79% de la variabilidad total y está formado por días a floración. En el ACM, sobresalieron los descriptores color de cáliz y color de ojos del tubérculo por su contribución a la variabilidad. En la caracterización molecular, el porcentaje de loci polimórficos para cinco cebadores RAMs fue del 55,6 al 100%. Los valores de distancia genética oscilaron entre 0,092 y 0,89. La heterocigosidad promedio encontrada (0,23) fue alta, indicando que existe una alta variabilidad genética dentro de la población estudiada. Según los análisis de clasificación morfológicos y moleculares, las poblaciones Ratona C y Ratona T son duplicados. Los dendrogramas del ACM y del análisis molecular, a diferencia del generado por el ACP, no mostraron tendencia al agrupamiento de las variedades de acuerdo a la especie