Cincuenta introducciones de la colección de tomate de árbol, C. betacea, de la Universidad de Nariño fueron caracterizadas morfológicamente durante el periodo de junio de 2009 - diciembre de 2010 mediante descriptores altamente discriminativos, bajo condiciones del municipio de Pasto en la vereda Caldera Bajo, que presenta una temperatura de 18 °C, 1600 mm de precipitación al año y altura de 1900 m.s.n.m. El Análisis de Componentes Principales indicó que los cuatro primeros factores, explicaron el 84,07% de la variabilidad total y la clasificación jerárquica identificó cuatro clases que junto con el ACP revelaron una alta contribución de los caracteres a la variación existente. El Análisis de Correspondencias Múltiples, reveló la formación de cinco factores que explicaron el 75,84% de la variación total de la población. Las características que más contribuyeron a la conformación de los factores fueron el Color de brotes apicales, el color de la nervadura en la haz y en el envés de la hoja, color de la hoja en la haz y en el envés, color del cáliz de la flor, el hábito de crecimiento de la copa, color del fruto maduro, forma del fruto, densidad de la copa y tamaño del fruto. El Análisis de Clasificación para caracteres cualitativos determinó tres grupos, diferenciados principalmente por el color de la placenta y tamaño de fruto.